公庫融資とフラット35の相違点は以下のようになっています。

なお、平成19年4月に金融公庫は住宅支援機構となり、これまでの財形や民間が行うことが難しい融資以外の一般的な個人融資は廃止となっています。

■公庫融資
・・・住宅金融公庫

■フラット35
・・・民間の金融機関

■公庫融資
・一戸建て　⇒　80�u（建売の場合は70�u）以上280�u以下
・マンション等　⇒　50�u（30�u）以上280�u以下
・敷地　⇒　原則として100�u以上

■フラット35
・一戸建て　⇒　70�u以上
・マンション等　⇒　30�u以上
・敷地　⇒　面積要件はありません。

■公庫融資
・10年〜最長35年

■フラット35
・15年〜最長35年（申込時の年齢が60歳以上の場合は10年以上で借入れが可能です）

■公庫融資
・給与収入によって異なりますが50〜80％以内です。
・地域や住宅の規模や構造によって異なります。

■フラット35
・一律、建設費等の80％以内で、全国一律8000万円まで融資が受けられます。

■公庫融資
・金利は公庫が申込時に決定します。
・基準金利があり住宅の規模等によって変動します。

■フラット35
・金利は各金融機関が独自で融資実行時に決定します。

■公庫融資
・金融機関によって異なります。

■フラット35
・一律48,510円（中古の場合は36,380円です）

■公庫融資
・技術者や依頼する検査機関によって異なります。

■フラット35
・中古物件の場合は別途かかりますが、新築物件や新築建売物件の購入時には不要です。

■公庫融資
・公庫の特約火災保険への加入が必須です。

■フラット35
・一般の火災保険を付保する必要があります。